AT→MT載せ換えで必要となる配線の処理を配線図で調べてみました。
あくまで配線図を追っただけで実車の配線は確認していません。
配線図の誤植や、私の勘違いなどで、間違いがあるかもしれないんで、
実行するひとが責任もって確認してください(爆)
あ、でも間違い見つけたら教えてね(^^;
(この図を書くのに２時間もかかっちまったぜぃ）

1.インヒビタSW、Rスイッチ、Nスイッチの接続

(1) 予備知識
　インヒビタSWは各ポジションに該当するSWがONになると、IGN電源に繋がる回路である。また、スタータスイッチの間に割り込み、ポジションがNかPでないとスタータ回路が遮断される仕組みである。各ポジションの信号は、ATインジゲータやATコントロールユニット、N・P（ニュートラル・ポジション）リレー、リバースランプなどに接続されている。
　一方、MT用のポジションスイッチには、NとRがある。
・Nスイッチ：ONでアースに落ちる回路である。信号はECUのN信号端子に接続される。
・Rスイッチ：ONでIGN電源に接続される回路である。信号はリバースランプに接続される。

(2) スタータ用回路
　単純にスイッチを短絡させるため、コネクタをぶった切り、配線を直結させてやれば良い。

(3) MT用スイッチとの接続
　まず、Rスイッチであるが、これはAT/MTともに、ONでIGN電源であり、信号の接続先も共通であるのでインヒビタSWのハーネスをそのまま利用することができる。MT用のRスイッチの配線をインヒビタSWハーネスの、IGN／R入力に接続してやればよい。
　次にNスイッチであるが、ATではONでIGN、MTではONでアースである。ECCSの入力は、アースでONになる仕様なので、ATではN・Pリレーを使って、ONでアースに落とすようにしている。MTのNスイッチをECCSの入力（N・PリレーのNV11)の直接つないでも良いが、ハーネスを１本はわせるのも美しくないので(笑)、N・Pリレーをそのままいかし、こちらもインヒビタSWのハーネスをいかす接続をする。（MTではアース接続だか、IGN接続にする）

これらをまとめたみたのが下の図。ちなみに図中の色は実際の配線の色を表している。

２．ATコントロールユニット

　ATコントロールユニットは撤去。ATコントロールが出力する信号がECUやその他の制御に関係するかと思って配線図を追ってみたが、インヒビタSWからインジゲータ、ECUの入力やリバースランプなどの接続は、ATコントロールのコネクタの手前（途中のハーネス）で接続されているようである。なので、かまわず撤去（笑）

３．クラッチSWの接続

(1) 予備知識
　クラッチSWの状態はECUの制御には関与していないようである。何に使われているかといえば、パワステコントロール（ハイキャスコントローラ）、ASCDくらい。ATではサイドブレーキSWに繋がっている（理由は不明）。
　まず、ハーネスの違いであるが、メインHは、ハイキャスあり用とハイキャスなしのAT/MT用の３種類しかない。つまりtypeMなら、AT/MTでハーネスの違いはない。エンジンルームハーネスでは、ハイキャスあり／なし、AT／MT、オプションあり等で６種類ほどある。つまり、エンジンルームハーネスのAT/MTの違いをどう処理するかがポイントである。

(2) クラッチSWの接続
　という訳でハイキャス付モデルならメインハーネスにクラッチSWのコネクタがあるはずなので、それを探してクラッチSWを接続する。もし無かったら・・・・・・そのとき考えるということで（笑）

(3) エンジンルームハーネスの加工
　で、実際のハーネスの処理である。
　ハイキャス付／オーとスポイラーなし／ASCDなしに限定して調べると、AT／MTではこの部分の接続をジャンパー切り替えのような物で対応しているようだ。エンジンルームH～メインHのコネクタで、エンジンルームH側でジャンパー接続されている。したがってAT用のジャンパーをカットし、代わりにMT用のジャンパーを接続してやる。配線の位置は下図参照。

以上、ここにある配線手順はあくまでβ版なので、実車で確認するまで保証はできません(^^;
実際に作業して確認できたら正式版にしましょう（笑）