ポケモンの育て方に関しては、普通の対戦のときと変わりません。 なので努力値配分などが分かっている人は、 ここは見なくても大丈夫だと思います。
そうでない人は、とりあえず個体値・努力値などの基本システムについて知ってもらう必要があります。 これについては僕が説明しなおすよりも、POKeDEX250 というサイトにある解説を見てもらったほうが分かりやすいと思います。 ここから先は基本システムがわかっているという前提で育成の流れを説明するので、 分からないことがあれば解説を参照してください。
さて、育成の流れですが、まずポケモンを手に入れなければ始まりません。 入手法はポケモンによっていろいろありますが、 タマゴが発見できるポケモンについては、 タマゴから手に入れるのが一番いいと思います。 「タマゴわざ」を覚えさせたり、 わざを遺伝させてわざマシンを節約したりできるからです。 また、親のポケモンの個体値のうちいくつかは生まれてきたポケモンに受け継がれるので、 高い個体値のポケモンを入手しやすいという利点があります。
また、伝説のポケモンなどで能力の高いものを選ぶときは、 マスターボールを用意したほうがいいでしょう。
どちらの場合も個体値が高いポケモンを選ぶのが一番いいのですが､ 個体値が多少低くても戦略である程度カバーできます。
育てるポケモンが決まったら、次は努力値配分を考えます。 例えばケッキングならＨＰ４、こうげき２５２、すばやさ２５２、 エアームドならＨＰ２５２、ぼうぎょ４、とくぼう２５２、 などといった感じです。 これはあくまでも例なので、実際には自分の好きなように配分すればいいのですが、 一つ注意すべきなのはそれぞれの努力値が４の倍数になるようにした方がいいということです。 ちなみに努力値を最大（５１０）までためようとすると「２」余ってしまいますが、こればどれに配分しても同じです。
計画が立ったら実際に努力値をため始めるわけですが、 最初は「マックスアップ」などの道具を使ったほうがいいです。 それで足りないときは戦闘でかせぐことになりますが、 ポケルスが発生していれば先に感染させておきましょう。 また、ポケモンのレベルが低いときは「がくしゅうそうち」を持たせて他のポケモンで戦い、 レベルが上がってきたら「きょうせいギプス」を持たせて戦わせると速いです。 手に入るレベルが５０のポケモン（フリーザーなど）をレベル５０の部屋に出場させるときは、 「きょうせいギプス」を持たせた上で他のポケモンに「がくしゅうそうち」を持たせるなど、 入るけいけんちを減らす工夫が必要です。 （レベルを上げずに努力値をステータスに反映させるにはいったんパソコンに預ける必要があります。）
努力値配分が終わって、まだ目標のレベルに達していない場合はレベル上げをします。 もう細かいことは考えなくていいので、とにかく戦いつづけましょう。 ちなみにレベル５０と１００では必要なけいけんちが１０倍ぐらい違います。