バトルタワーは殿堂入り後、キッサキシティから船でいけるファイトエリアにあります。 中ではいくつかのルールでポケモンバトルを楽しむことができます。 また、７連勝するごとにＢＰがもらえ、貴重などうぐやわざマシンと交換することができます。
相手のポケモンはすべてレベル５０で、連勝し続けると強くなっていきます。具体的な例は バトルタワーの敵リストにまとめてあります。
最も基本的なルール。参加できるポケモンは３匹で、お互いにポケモンを１匹づつ出すシングルバトルを行う。
使用ポケモン例
２１戦目にはタワータイクーンのクロツグが登場し、ミロカロス、カイリュー、ドサイドンを使ってくる。 （ポケモンの順番はランダム。）ミロカロスは「さいみんじゅつ」が厄介だが、 とくぼうが高いポケモンで粘っていれば勝手にＰＰ切れして自滅する。 カイリューは「ドラゴンダイブ」が強力なので、できれば先制で弱点を突いて倒してしまいたい。 ドサイドンはこうげきは高いものの遅いので、「なみのり」などで弱点を突けば簡単に倒すことができる。 勝つと参加したポケモンに「アビリティリボン」がもらえる。
クロツグは４９戦目にも登場。今度はヒードラン、レジギガス、クレセリアという反則的なパーティを使ってくる。 ヒードランはとくこうが高いだけでなく、ピンチになると「だいばくはつ」するので注意しておこう。 レジギガスは耐久力があるが、「スロースタート」のおかげでそんなに脅威にはならない。 クレセリアは非常に耐久力が高いうえに「めいそう」してくるので、 「ギガインパクト」「だいばくはつ」といった強力な物理攻撃で一気に倒すといい。 勝つと参加したポケモンに「グレートアビリティリボン」がもらえる。
参加できるポケモンは４匹で、お互いにポケモンを２匹づつ出すダブルバトルを行う。 耐久力の高いポケモンでも２匹同時に攻撃されると持たないことが多いので、 参加するポケモンはこうげき（またはとくこう）が高いものがいいだろう。 また「じしん」「だいばくはつ」など味方に当たるわざもあるので、２匹の相性に気をつけること。 ５０連勝すると参加したポケモンに「ダブルアビリティリボン」がもらえる。
参加できるポケモンは２匹で、パートナーと組んでポケモンを１匹づつ出すマルチバトルを行う。 （自分のポケモンが２匹とも倒されても、パートナーのポケモンが残っていれば勝ちになる。） 相手のポケモンも２人のトレーナーが２匹づつ出してくる形式になっているので、 １人の持つポケモンを狙って先に倒してしまえば２対１の状況を作り出すことができて楽になる。 ５０連勝すると参加したポケモンに「マルチアビリティリボン」がもらえる。
パートナーになるのはゲーム中に登場して主人公と一緒に行動したトレーナーで、以下の５人。 （使ってくるポケモンの詳しいデータは パートナーのポケモンリストにまとめてあります。）
序盤は速攻ができるマイが便利だが、ある程度敵が強くなってくると不安定になる。 後半はモミ、ミル、ゲンのポケモンを見て、自分のポケモンとの相性も考えつつ選んでいくといい。 耐久型のバクはダブルだと集中攻撃ですぐ倒されたりするので選ばないほうが無難。
基本ルールはマルチと同じ。ただしパートナーは人間なので、作戦は立てやすい。 問題は時間がかかりすぎることで、設定に関係なくせんとうアニメがオンになってしまうし、通信待機中の時間も長い。 しかも中断ができないため、いかに速く敵を倒すかが重要になってくるだろう。 ちなみに挑戦中にパートナーを変えると連勝記録は普通にカウントされるが、 敵の強さは連勝記録が高いほうに合わせられるようだ。
基本的にはシングルバトルだが、敵のデータはＷｉ−ｆｉコネクションを通じてダウンロードすることになる。 ７連勝するごとに上のランクに挑むことが可能だが、ランク１や２でも十分に強いポケモンが出てくるため気が抜けない。 ただし操っているのはコンピューターなので、そこをうまく利用すれば多少能力で劣っていても勝てないことはないだろう。