バトルチューブに参加できるポケモンは３匹です。 ポケモンにどうぐをもたせることはできますが、バッグの中のどうぐは使えません。 挑戦を始めるとまず大部屋に入り、次に３つの部屋の中から１つを選ぶことができます。
部屋の中では
などが起きます。
部屋をぬけるとまた大部屋に入り、 同じようにして１４部屋（大部屋も含む）をぬけることができれば バトルポイントがもらえます。
また大部屋の入り口にいる人に話かけると レポートを書いて中断することができます。 大部屋には次の部屋で起こることのヒントを教えてくれえる人もいますが、 正しいことを言うとは限らないようです。
バトルファクトリーのフロンティアブレーンは「チューブクイーンのアザミ」です。 ２回目の挑戦の最後の部屋に登場し、 ハブネーク、ツボツボ、ミロカロスを使ってきました。 勝つとラックシンボルがもらえます。
また１０回目の最後の部屋にも登場し、 ハブネーク、ギャラドス、ハガネールを使ってきました。 勝つとラックシンボルが金色になります。