ポケモンを育てる（経験値をためる）方法は、 ひみつきちでのバトル以外にも四天王戦、そらのはしら（Ｒ・Ｓ・Ｅ）、 ハナダのどうくつ（ＦＲ・ＬＧ）などいろいろあります。 しかし、ひみつきちには相手のポケモンの種類、レベルなどを自由に変えられるという特徴があり、 これを利用すると効率よく経験値が稼げます。 たとえば相手がＬｖ１００のポケモンを６匹持っていた場合、 種類によっては合計６万以上の経験値が手に入ります。
ただし、ひみつきちには１日１回しか戦えないという大きな欠点もあります。 よって、まずひみつきちで経験値を稼ぎ、 それが終わってから他のところで戦う、 というのが一番効率がいいと思います。
ひみつきちのトレーナーが出してくるポケモンは、レコードを混ぜたときの手持ちと基本的に同じです。 ただし、種類、レベル、技、持ち物、せいべつ、とくせいは同じになるようですが、 能力値は低くなるようです。 （「めざめるパワー」のタイプが変化することから、個体値も変わっているようです）
さて、それでは相手のポケモンはどのようにしたらいいのかというと、 実は状況によっていろいろ変わってしまいます。 もらえる経験値の量だけを考えれば、ミュウツーＬｖ１００×６匹とかでもいいのですが、 これでは育てているポケモンが自力で戦うのが難しく、 結局「がくしゅうそうち」頼みになってしまいます。 （技を「しろいきり」だけにしてしまうという手もありますが、 やはり倒すのに時間がかかりますし、そもそも相手が適度に強くないと面白くありません。） かといって相手のレベルが低いと、もらえる経験値は少なくなってしまいます。
この問題を解決するには、いくつかレベルの違うひみつきちを作り、ポケモンの成長に合わせて使い分ける、 というのがいいのではないかと思います。 まあ手間はかなりかかるのですが。
また、相手のポケモンの種類としては「最初の３匹」の最終形 （フシギバナ、リザードン、カメックス、メガニウム、 バクフーン、オーダイル、ジュカイン、バシャーモ、ラグラージ）がいいでしょう。 適度に強く、経験値もＬｖ１００・しあわせタマゴ持ち・他人のＩＤなら１万を超えます。 持ち物は外しておいた方がいいですが、難易度を下げたいなら「きょうせいギプス」、 賞金を上げたいなら「おまもりこばん」を持たせておいてもいいです。 （「おまもりこばん」は相手が持っていても効果を発揮します …といっても賞金が２０００円増えてもたいしたことはないのですが）
ひみつきちでのルールは通常のバトルとも、 バトルタワーともちょっと違うものになっています。 まず、ルールは「かちぬき」「いれかえ」両方使うことができます。 （簡単な「いれかえ」がお勧めです。）
次に、相手は技はランダムで使用してきますが、 ポケモン入れ替えはちゃんと有利になるように考えています。 これについていくつかおもしろいことがあるので書いておくと、 まず、相手のポケモンの技がなぜか１ターン目だけほぼ固定されている場合があります。 これについては先頭のポケモンに起きやすい、選ぶのは補助技が多い、 こちらが低いレベルのポケモンを出したときには起こりにくい、 といったことが経験的にわかっていますが、原因は全くわかりません。
また、ポケモン入れ替えで時々一見不可解なことがおきます。 例えばマタドガスに対して弱点を突けないはずの レックウザやマルマインが優先的に出てくるのですが、 これについては原因がだいたいわかっています。 どうも相手のＣＰＵはレックウザの「ねむる」やマルマインの「ミラーコート」 がエスパータイプなので、弱点を突けると判断して出しているようです。
それともう一つ、相手はポケモンが倒されたとき以外あまり入れ替えをしませんが、 こちらがヌケニンを出していて対抗できないと判断すると必ず交代します。
さて、ルールの話に戻ると、バトルが終わると自分のポケモンが全回復し、 持ち物もバトル開始前のものに戻ります。 これによってアイテムを増やしたりすることはできなくなっていますが、 使ってしまった「ラムのみ」などが勝手に戻ってくれるのは便利です。
最後に、ひみつきちでは相手の「どろぼう」「ほしがる」「トリック」がちゃんと成功します。 当然と思うかもしれませんが、 実は通常バトルでは相手にどうぐを奪われないようになっているのです。 （例えば、Ｒ・Ｓでサイキッカーの使うフーディンは「トリック」を覚えていて、 実際使ってくるのですが、絶対に失敗します） 取られたどうぐはバトル終了時には戻ってきますが、 何かと不便なのでできるだけこれらの技を持ったポケモンを入れないようにしましょう。