新しいシステム「ポケモンタワー」の解説です。
ポケモンタワーは、大きいポケモンの上に小さいポケモンが乗って作ります。 ポケモンには大きさが☆〜☆☆☆☆（以下１〜４で表記します）のものがいて、
というルールで作ることができます。 例えば、上から大きさが「１、２、３、４」や「１、１、３、３」のようになります。
ちなみに、体の大きさは今までのポケダンシリーズとは変更されているポケモンが多いようです。 （ポケモンずかんの「たかさ」にある程度対応しているようですが、はっきりした規則はなさそうです。） また、チームの体の大きさ合計の制限はなくなりました。
タワーを作るには、次の３通りの方法があります。
さらにリーダーが３、４段タワーの２段目に入りたい時は、「のっかりあな」でリーダーより上の部分を作った後、 「のっかりだい」で乗ることができます。
ちなみに、敵ポケモンは隣接していればどこでもタワーを作ることができます。
作ったタワーは、「チーム」から上のポケモンが「おりる」を選ぶか、下のポケモンが「おろす」を選ぶといつでも解除できます。 また、以下のような場合に強制的に解除されてしまうことがあります。
天気が変化するダンジョンでは、タワー内のポケモンに「ノーてんバンダナ」を持たせておくと悪天候でタワーが崩れなくなります。 また「あめ」はみずタイプ、「ゆき」「あられ」はこおりタイプ、 「すなあらし」はじめん、いわ、はがねタイプのポケモンがタワーに入っていれば平気です。
敵のタワーは飛び道具で解除するのが簡単でしょう。
タワーのＨＰは、参加しているポケモンの合計になります。 解除すると、残りＨＰの割合が等しくなるようにＨＰが分けられます。 このことを利用して、１匹だけが大きなダメージを受けている場合は、 タワーを作って解除することでダメージが分散し楽になります。 （ちなみに、今作ではポケモンの最大ＨＰが２００までしか上がらないようになりました。 そのため、タワーのＨＰは最大で８００になります。）
ＰＰはタワーの下のポケモンは通常と同じですが、２段目以上のポケモンはＰＰが減らなくなります（「プレッシャー」なども受けません）。 そのため、下のポケモンは威力が低くてもＰＰが多いわざ、上のポケモンはＰＰは少ないが強力なわざを使うのに向いています。
「ぼうぎょ」や「とくぼう」、タイプの相性などは一番下のポケモンで計算されているようです。 「プレッシャー」「どくのトゲ」などの特性も一番下のポケモンのみ有効なようです。 また、移動タイプも一番下のポケモンで決まっているため、下のポケモンがムウマなどであれば全員が壁を通過できます。
「すなあらし」のダメージは、タワー内に１匹でもじめん・いわ・はがねタイプのポケモンがいれば受けないようです。 （「あられ」もたぶん同じです。） また、１匹でも「ノーてんバンダナ」を持っていれば天気によるダメージは防げます。
ちなみに、タワーで倒したポケモンは倒したのがリーダーでなくても仲間になる可能性があります。
ポケモンタワーを作っていると、ポケモンがタワー内の他のポケモンのわざを覚えることがあります。 実際にミカルゲやフワライドがアメモースから「ぎんいろのかぜ」を覚えました。 確率はかなり低いようですが、「みおぼえリボン」で上げられるようです。
タワーを作っている間は、ポケモンのＨＰが自然回復しません。 そのため、「オレンのみ」などで回復するか、ダメージを受けたら一旦タワーを解除して自然回復させることになります。
また、わざによるＨＰ回復も有効な方法です。 特に「ねむる」はわざマシンでほとんどのポケモンが覚えられ、２段目以上のポケモンなら眠っていても他のポケモンは動けるので、 便利な回復手段です。ただし今作ではＨＰが全回復せず、最大１１５（かしこさ「いやしのちえ」があるとき）しか回復しないので注意が必要です。
また、自分の場合はタワーの一番下のポケモンが行動できないと、上のポケモンも行動できません。 特にねむりが怖いので、「ふみんスコープ」を持つか、「ふみんふきゅう」のかしこさを身に付けておきましょう。 逆に敵は一番下のポケモンが動けなくても、上のポケモンは攻撃してきます。