「空の探検隊」では、主人公以外のキャラクターがメインになるストーリーが５つあります。 ここでは、まずどのストーリーにも共通していることを説明します。
スペシャルエピソードの主人公になるキャラクターは、メインストーリーとは別のトレジャーバックとお金（ポケ）を持っています。 トレジャーバッグの大きさはメインストーリーに影響される可能性もありますが、とりあえずクリア後に調べた大きさを書いてあります。
スペシャルエピソードでは、「ガルーラのそうこ」を使うことができます。 そうこの中のどうぐはメインストーリーと共通なので、例えば「ふっかつのタネ」を大量に持ち込み、楽にクリアするということも可能です。 また、「ビッパのねがいごと」「ほんじつのきゃー」では「ヨマワルぎんこう」も使うことができます。 お金（ポケ）もメインストーリーと共通です。
スペシャルエピソードの進行はメインストーリーとは別にセーブされていて、両方を同時に進めることが可能です。 ただし、ダンジョン内で「ちゅうだん」した場合には、その再開データしか選ぶことができません。 また、スペシャルエピソードをクリアすると「かつやくのあと」に記録されますが、 進行状況は最初に戻され、どうぐとポケはメインストーリーの「ガルーラのそうこ」、 「ヨマワルぎんこう」に移されます。
各エピソードの詳細は以下にまとめてあります。 （ダンジョンのフロア数に（？）が付いているのはあまり注意して見ていなかったので、少し違うかもしれません。）
スペシャルエピソード１ ビッパのねがいごと
スペシャルエピソード２ てんさいププリン
スペシャルエピソード３ ほんじつのきゃー
スペシャルエピソード４ チャームズさんじょう！
スペシャルエピソード５ あんこくのみらいで