宇宙世紀0087年 ── 地球連邦とジオン公国の戦争終結から７年。ジオン公国の自滅により終わった戦争は、連邦政府内に旧態依然とした政治・官僚機構を温存し、戦争で突きつけられた権力構造の矛盾はそのままに、地球派の腐敗はますます進んでいた。また、ジオン公国に所属していた軍事勢力の一部は降伏することなく、各地で地球連邦軍と軍事衝突を繰り返していた。やがて、地球連邦軍内部にジオンの残党狩りを名目にスペースノイドへの政治的軍事的圧力を加えるエリート部隊『ティターンズ』が創設された。軍部のエリート組織ティターンズは、権力を得るにつれ勢力をひろげつつあった。だが、ティターンズの暴走に危機を感じた一部の人々が、 これに対抗すべく反地球連邦政府組織『エゥーゴ』を結成する。

現在も地球エリートが地上から支配するスペースコロニー、グリーンノアに住む少年カミーユ・ビダンは、女のような自分の名前にコンプレックスを抱いていたが、ふとしたキッカケからその事を侮辱したティターンズの士官ジェリド・メサと争い、腹いせに彼のモビルスーツ、ガンダＭｋ−IIを強奪する。 追われる身となったカミーユは偶然グリーンノアに来ていたエゥーゴに迎えられる。自分の意志とは関係無く、ティターンズとエゥーゴの争いに巻き込まれて行くカミーユだったが、両親をティターンズに殺されるに及び、エゥーゴに参加することを決意する。そこには、かつての赤い彗星、いまはクワトロ・バジーナと名乗るシャア・アズナブルが参加していた。

やがてエゥーゴには元ホワイト・ベースの艦長ブライト・ノアが合流し、地上組織のカラバにはMSパイロットだったハヤト・コバヤシが参加していた。また、現在はジャーナリストとなったカイ・シデンは側面からエゥーゴを支援していた。そして、一年戦争当時連邦のエースと呼ばれ、ニュータイプの先駆けとされたアムロ・レイは戦後、危険人物として長い幽閉生活を強いられていたが、戦争当時の仲間たちと会い覚醒したアムロは、連邦の監視下から脱出。カラバのハヤトと共に地球に降りてきたエゥーゴのブライト、そしてシャアと再会する。 ここから本格的なエゥーゴ対ティターンズの抗争が始まる。

しかし、木星帰りのニュータイプ、パプテマス・シロッコが己の野望のために策動を始め、ドズルの忘れ形見ミネバを擁したハマーン・カーン率いるジオン残党軍『アクシズ』がジオン復活を掲げて参戦により、事態は収拾のつかない混迷の中に陥る。その戦いの中、ニュータイプとして覚醒をはじめたカミーユの前で多くの生命が訪れ散っていく。その現実に繊細なカミーユは次第に戦いに疑問を抱くが、周りの状況はそんな一個人の感傷を呑み込むように推移する。やがて最終決戦においてジュリドと対決し、刻の涙をみたカミーユの心は・・・

東京のとあるドヤ街に、ふらりと一人の少年がやってきた。矢吹丈と名乗るその少年に絡んだアル中の元ボクサー丹下段平は、一方的に叩きのめされる。しかし、その動きから天性のボクシングセンスを見出た段平はボクシングへの情熱を取り戻し、ジョーを一流のボクサーに仕立て上げんと奮闘する。しかしジョーは、ドヤ街の子供たちを引き連れて乱行を繰り返した挙句、段平の情熱を利用して犯罪に手を染め、少年院へと送られてしまう。

少年院でも乱暴を繰り返すジョー宛てに、ある日「あしたのために」の書き出しで始まる段平からの葉書が届く。そこには左ジャブの打ち方から始まるボクシング技術の講義が記されてあった。初めは無視をするジョーだが、同じ院生で終生のライバルとなる力石徹にKOされた事により、そのアドバイスに従ってボクシングの練習に身を入れるようになる。やがて自分のパンチの切れが、今までと比べ物にならないほど向上してゆくのを実感するジョー。少年院の中で行われた力石とのボクシングの試合で互角の戦いをしたジョーは、一足先に退院しプロボクサーとなった力石と決着をつけるため、本格的にボクシングの道へと足を踏み入れる。

プロとなったジョーは、数々の強敵と戦いの中でランキングも上がる。ようやく力石に挑戦できる実績ができ、力石との対戦を楽しみにするジョーだったが、その前に『階級』という大きな壁が立ち塞がる。階級の違う二人が対戦するには、ジョーが階級を上げるか力石が下げるしかないのだ。ジョーとの対戦を心待ちにしていた力石は、自分がジョーの階級に合わせるべく、過酷な減量を始める。

幻覚と戦いながら減量に成功した力石は、ようやくジョーとの対戦の日を迎える。リングの上で対峙するジョーと力石。やがて始まった試合は壮絶な闘いとなり、やがて悲劇へと歩を進めて行く・・・

西暦2052年、人類は科学技術の発展による繁栄を謳歌していた。そこに人工惑星とともに宇宙の彼方から襲来した異星人ゴドムが突如侵攻し、人類は総人口の9割を失い地球は占領されてしまう。

生き残った者達は地球救出組織「マルス」を結成、世界の9箇所に建設されていた科学技術の研究施設、ポイントN１〜N９を抵抗拠点とした。日下真は、廃墟で知り合った少女土門慶（ケイ）や、友人の和泉洋らとともに、ゴドムの攻撃で壊滅した首都を脱出し、ポイントN１に辿り着く。真の父が死ぬ間際に「そこに地球の未来がある」と言い残したのだった。しかし、廃墟となった研究施設に呆然とする。そんな中、地下にある未知の空間へ迷い込んだ真たちは、数々の計器が並んだ部屋で父の残した「ブルーノア」という言葉を呟く。すると音声入力装置が起動キーを認識し、巨大な船が浮上する。日本の小笠原諸島にあった海洋開発研究センター（ポイントN1）で密かに戦略空母「ブルーノア」が建造されていたのだ。奇しくもブルーノアを進水させた彼らは、土門艦長に頼み込み乗組員へ志願する。真たちは小型潜水艦シイラの乗員となり、シイラの清水艦長の厳しい指導を受けながら一人前意に成長してゆくことになる。ブルーノアは完成率９割の状態だったが人類の危機に当たり、ゴドムが太平洋各地に建設した基地を破壊し、ゴドムから地球を解放する為に出撃する。

その途上、大西洋バミューダ沖海底の原子物理学研究センター（ポイントN９）が、ドメニコの伝言により無事である事が判明。そこで建造中の反重力エンジンを装備することにより、宇宙空母となれば衛星軌道上の人工惑星ゴドムを撃退する事ができる。そのためブルーノアはポイントN９を目指す。途中加わった飛鷹、カピラらの仲間達と共に、ゴドムから地球を奪回する戦いを続ける。