エメラルドではアクア団、マグマ団両方が出現し、 場所によってルビー・サファイアのどちらかと同じだったり 全く新しいイベントがあったりします。 ルビー・サファイアのどちらかと同じイベントは次の通りです。
おくりびやまに出現するのはアクア団です。 しかし、「あいいろのたま」はすでにマグマ団に奪われていて、 「べにいろのたま」もアクア団に奪われます。 そのため、おばあさんからは「マグマのしるし」がもらえるようになっています。
デコボコさんどうにあるマグマ団アジトには 「マグマのしるし」をもらうと入れるようになります。 中には野生のポケモンがいて、マグマ団員もけっこういるので ＰＰが足りなくなることが多いです。 一番奥ではマツブサとのバトルになり、 勝つとグラードンが復活してどこかへ消えてしまいます。
アクア団アジトはサファイアと同じくミナモシティにあります。 入るにはマグマ団アジトをクリアしたあと、 カイナシティでせんすいていが奪われるのを見る必要があります。 中の構成はサファイアと同じで、「マスターボール」が落ちています。 ちなみにクリアした後もアクア団アジトの入り口は消えなくなったようです。 せんすいていがあった場所では「なみのり」することができ、 色の濃い場所があるのですが、 残念ながら「ダイビング」はできないようです。
トクサネシティのうちゅうセンターに行くとマグマ団からの予告状があります。 トクサネジムをクリアすると、マグマ団が現れ、 ロケット燃料でえんとつやまを噴火させようとしていることが分かります。 ２階の奥にはダイゴがいて、 てもちの中から３匹を選んでダイゴと組み、マツブサ、ホムラとのマルチバトルになります。 ダイゴのてもちはメタング、エアームド、ボスゴドラで、 マツブサとホムラのてもちはグラエナ×２、ゴルバット、クロバット、バクーダ×２です。
かいていどうくつにはアクア団がいて、 中で起きるイベントはほとんどサファイアと同じです。 しかしカイオーガが目覚めた後はおおあめとひでりが交互に繰り返されるようになります。
かいていどうくつでのイベントの後、 ルネシティではカイオーガとグラードンが戦っています。 ダイゴに話しかけると めざめのほこらに入ることができ、 奥でミクリと話すことができます。 質問に「そらのはしら」と答えるとミクリはそらのはしらに行くので、 追いかけることになります。
エメラルドではクリア前に「そらのはしら」に入れるようになっています。 ただし最初に来た時は内部の岩やひびの入った床がほとんどなくなっていて、 簡単に頂上まで行けるようになっています。 また野生のポケモンの種類はサファイアと同じようですが、 レベルは３０台なのでそれほど苦戦することはないでしょう。 頂上に行くとレックウザが目覚めてどこかへ飛んでいき、 ルネシティに戻るとカイオーガとグラードンを静めてくれます。
ちなみにクリア後に来ると内部の地形はルビー・サファイアと同じになっていますが、 野生ポケモンのレベルは変わらないようです。