バトルファクトリーではレンタルポケモンを使って戦うことになります。 シングルとダブルがあり、両方とも参加できるポケモンは３匹です。 挑戦を始めるとまず６匹のレンタルポケモンの中から １試合目で使う３匹を選ぶことになります。
１回勝つごとにポケモンともちものが回復し、
ことができます。
また次の試合をする前に、 直前に倒したトレーナーとポケモンを１匹交換することができます。 手放すポケモンももらうポケモンも自分で選べますが、 もらうポケモンの強さは確認できません。 ７人に勝てればバトルポイントがもらえます。
バトルファクトリーのフロンティアブレーンは「ファクトリーヘッドのダツラ」です。 ２１人目に登場し、ゴーリキー、ヌマクロー、プクリンを使ってきました。 勝つとノウレッジシンボルがもらえます。