バトルタワーの基本的なルールはルビー・サファイアと同じで、 自分の育てたポケモンを使って７人のトレーナーと連続で戦います。 ポケモンにどうぐをもたせることはできますが、 バッグの中のどうぐは使えません。 １回勝つごとに自分のポケモンともちものを回復してもらうことができ、
ことができます。 ７人に勝てればバトルポイントがもらえます。
またバトルタワーには以下の４つのルールがあります。
バトルタワーのフロンティアブレーンは「バトルタイクーンのリラ」です。 ３５人目に登場し、フーディン、カビゴン、エンテイを使ってきました。 勝つとアビリティシンボルがもらえます。
また７０人目にも登場し、ライコウ、ラティオス、カビゴンを使ってきました。 勝つとアビリティシンボルが金色になります。
バトルタワー内の左の方には主人公の弟子が現れ、 １日１回質問をしてくるようです。
右の方では対戦が始まるとき、勝ったとき、負けたときのメッセージを入力できます。 多分レコード交換で他のカートリッジに出現したときに表示されるのでしょう。
また挑戦後はインタビューを受けることもできます。