ホウエン地方の伝説のポケモンであるレジロック・レジアイス・レジスチルの３匹に会うには、
「おふれのせきしつ」の謎をとかなければなりませんが、
それについては内容を覚えていれば何の問題もありません。
実際のバトルでは「のろい」を使ってくるため長期戦になるとやや苦戦しますが、
できるだけぼうぎょの高いポケモンで粘りながら「タイマーボール」
を投げつづければ何とかなるでしょう。
また、レジアイスとレジスチルはヌケニンを倒せるわざが「げんしのちから」しかないので、
能力が上がってきたら倒されることも覚悟でヌケニンを出します。
カイオーガ・グラードンとの戦闘はシナリオをクリアするために必須となっていますが、
そこでしか出会えないポケモンなので当然つかまえます。
カイオーガにはネットボールが有効で、
しかもヌケニンに対して全くダメージを与えられないため、
ヌケニンの「みだれひっかき」などで少しずつ体力を削って捕獲します。
グラードンにはハイパーボールとタイマーボールを使用し、
耐久力の高いポケモンで粘るしかないでしょう。
（「だいもんじ」のＰＰが切れればヌケニンを出しても安心です。）
そらのはしらの頂上にいるレックウザは、
レベルが７０もある上に「ねむる」でＨＰと状態異常を回復してしまう強敵です。
まともに戦ってつかまえるのは厳しいので、ファイアレッドで余った分の「マスターボール」
を使用してつかまえます。