平成17年６月17日
税制調査会　基礎問題小委員会・非営利法人課税　ワーキング･グループ
新たな非営利法人に関する課税及び寄附金税制についての基本的考え方
http://www.mof.go.jp/singikai/zeicho/tosin/170617.htm
一 非営利法人に対する課税のあり方
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４ 公益性判断の変更があった場合等の取扱い
　「新たな非営利法人制度」の下、「第三者機関」が「公益性を有する非営利法人」に対する事後チェックによりその公益性判断を取り消した場合、当該法人は、「公益性を有する非営利法人」という資格を失い、通常の非営利法人に移行することになる。
　この場合、当該法人の財産には税制上の優遇措置によって蓄積されてきたものが含まれている。
　このため、営利法人との課税のバランスや租税回避の防止の観点から、取消事由の発生時点に遡及して優遇措置を取り消すとともに、優遇措置により蓄積された財産に対し一定の課税を行うといった何らかの税制上の措置を講じるべきである。
　：

　政府税制調査会が以上の考えから出した答申に基づき、政府の決定した税制改正案では以下のようになりました。

平成20年度税制改正の大綱
http://www.mof.go.jp/genan20/zei001.htm
五　公益法人制度改革への対応・寄附税制
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（別紙二）　公益法人関係税制
http://www.mof.go.jp/genan20/zei001f.htm
１　新たな法人制度における社団法人・財団法人に対する課税
　：
(5) 課税所得の範囲の変更に伴う所要の調整
�@　公益社団法人若しくは公益財団法人、非営利一般法人又は特例民法法人が普通法人となった場合には、原則として、簿価純資産価額から利益積立金額を控除した金額を益金の額に算入する。
（注）公益社団法人又は公益財団法人が普通法人に移行した場合には課税対象額から公益目的取得財産残額を、非営利一般法人（移行法人に限る。）又は特例民法法人が普通法人に移行した場合には課税対象額から公益目的財産残額を、それぞれ控除できることとする。

　純資産＝資産−負債　です。
　ここから控除する「利益積立金」というのは、法人内に留保した法人税課税済み所得金額の累積額です。
　益金の額に参入する、とは、課税対象となる所得金額に加算する、ということです。
　公益認定が取り消された等で普通に課税される法人に移行した場合、税制上の優遇措置によりこれまで蓄積されてきた財産に対し課税を行う、というのが趣旨です。
　よって、収益事業から上がった利益の蓄積は、既に税金を取られた残りですから、再び課税されることのないよう控除するわけです。
　何だか大変なことのようですが、実際はそれ程でもないかもしれません。
　というのは、（注）にある、もう1つの控除額が大きいと思われるからです。

　公益法人（新法下で一旦認定済み）の場合は、公益目的取得財産残額が控除されます。
　これは公益認定が取り消された場合、どこかに寄附しなければならない（しかも1ヶ月以内に！）財産の額ですから、その分は税金を取られることはないのでしょう。
（詳しくは別頁「公益認定取り消し後の財産の行方（補足あり）」をご覧下さい。）

　特例民法法人（現存の公益法人が、新法下の法人にまだ移行をしていないもの）の場合は、公益目的財産残額が控除されます。
　「公益目的財産残額」は、整備法119条、及びその施行規則（内閣府令）14条に規定されています。
　条文は、内閣府ＨＰの下記頁をご参照ください。

一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律の関連政令及び府令二段表（PDF)
http://www.cao.go.jp/picc/seisaku/hourei/sandan.html

　公益目的財産残額も純資産額を元にしますが、土地や有価証券等は時価評価になります。
　課税対象額は簿価が基準ですから、含み損が大きい（時価＜簿価）場合は、公益目的財産残額を控除しても、課税額が発生するかもしれません。
　なお、公益目的財産残額は、公益的な団体に寄附するほか、「公益目的支出計画」に基づいて残が0円になるまで自分で公益目的事業のために支出することができます。


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