バトルタワー用のチームを組む場合でも、 弱点が重ならないようにしたり、 仲間同士の相性（天気による影響など） を考える必要があるのは普通の対戦と同じです。 しかしバトルタワーで記録を出す場合何百回も連続で戦うことになるため、 普通よりも意識するべきことがいくつか存在します。
一撃必殺技 （「つのドリル」、「ハサミギロチン」、「じわれ」、「ぜったいれいど」） は、命中率が３０％と通常の攻撃よりもかなり当たりにくいのですが、 使われる回数が多ければ当たってしまうこともけっこうあります。 さらに連続で当たってしまう可能性のあるので、 チームを組むときはとくせいが「がんじょう」 のポケモンを入れておくことをおすすめします。 （ちなみに敵のわざ選択はランダムらしいので、 自分のポケモンのとくせいが「がんじょう」でも一撃必殺技を使ってくることはあります。）
「だいばくはつ」は威力が非常に高く、普通でも警戒すべきわざなのですが、 バトルタワーではお互いが最後の１匹のときに相手が「だいばくはつ」しても 自分が負けになってしまいます。 相手のてもちが全員「だいばくはつ」を覚えていることもあるので、 いわ、はがね、ゴーストタイプのポケモンか、とくせいが「しめりけ」のポケモンがいるといいでしょう。 （とくせいが「がんじょう」のポケモンの多くはいわ、はがねタイプを 持っているため、一撃必殺技対策と兼用することもできます。）
ソーナンスはとくせい「かげふみ」を持つので出されると交代することができず、 そのとき出していたポケモンのまま戦わなければいけません。 また、たいていの相手は相性が悪くても運次第で勝つことができるのですが、 ヌケニンの場合、自分のポケモンのわざ構成によっては まったくダメージを与えられないため、いくら運がよくても勝てなくなります。 そのため、ソーナンスとヌケニンにはできればてもちの中の ２匹以上が対応できるようにしておいたほうがいいでしょう。 （敵の種類ごとの対策のしかたは 強敵との戦い方にまとめてあります。）