徳川家臣。内藤清長の嫡男。通称は金一郎・弥次右衛門。佐貫城主。
御先手に属し、永禄６年（１５６３）の三河一向一揆の鎮圧（上和田の合戦）に活躍して以来、数々の武功を立てた。
天正１２年（１５８４）の小牧・長久手の合戦に従軍、小幡の合戦で功名を立てた。天正１７年（１５８９）、羽柴秀吉から豊臣の姓を授けられる。
天正１８年（１５９０）、徳川家康が関東に転封したときに上総国佐貫城２万石を領した。
慶長５年（１６００）の関ヶ原の役においては伏見城を鳥居元忠と共に死守する（伏見城の戦い）も、激しい戦闘の末に討死した。
遺領は子の政長が継いだ。