徳川家臣。鳥居元忠の二男。通称は新太郎。左京亮・従四位下。
父と共に徳川家康に仕え、天正１２年（１５８４）の小牧・長久手の合戦で功を挙げた。
天正１６年（１５８８）４月に従五位下・左京亮に叙位・任官。また羽柴秀吉より豊臣の姓を授けられ、秀吉の命で滝川雄利の女を妻とした。
慶長５年（１６００）の関ヶ原の役の際、父の元忠は伏見城の戦いで討死したが、忠政は江戸城の留守居役を命じられた。兄の康忠が早世していたため、家督を相続する。
慶長７年（１６０２）、父の遺功もあって、下総矢作４万石から陸奥磐木平１０万石に加増転封。大坂冬の陣・夏の陣に際しても江戸城留守居役を務めた。
元和８年（１６２２）、最上氏が改易されたあとを受けて出羽国山形城２０万石の領主となり、寛永３年（１６２６）には加封を受けて２２万石となった。
寛永５年（１６２８）９月５日、山形で没す。６３歳。法号は俊岳院峯山玉雄。