室町幕府の初代征夷大将軍。在職期間は暦応元：延元３年（１３３８）〜延文３：正平１３年（１３５８）。足利貞氏の二男。母は上杉頼重の娘・清子。通称は又太郎。初名は高氏。
元応元年（１３１９）１０月に元服、従五位下・治部大輔に任じられる。
元徳３：元弘元年（１３３１）８月、鎌倉幕府を倒して天皇親政の実現を目論む後醍醐天皇が笠置城に拠って抵抗した際にはこの鎮圧を命じられ、翌月には幕府軍の大将のひとりとして大仏貞直らと出陣した。また、この出陣と時を同じくして父・貞氏を亡くしており、貞氏の嫡男で兄・高義が早世していたこともあって、足利氏惣領の地位を継いでいる。
正慶２：元弘３年（１３３３）３月、前月に隠岐を脱出して伯耆国船上山に拠った後醍醐天皇の軍を討つため、母や嫡男・義詮らを鎌倉に残して名越高家と共に幕府の大軍を率いて上洛したが、その途次で後醍醐天皇の綸旨に応じて４月２９日に丹波国篠村八幡宮で討幕の旗を挙げ、５月７日には赤松則村（円心）・千草忠顕らと共に京都の六波羅探題を滅ぼした。
また、５月８日に上野国で倒幕に決起した新田義貞の軍に４歳の義詮を参加させ、この軍勢が２１日に鎌倉を制圧したことで鎌倉幕府は滅亡するに至る（鎌倉の戦い）。
鎌倉幕府が滅んで後醍醐天皇の主導による建武政権が成立すると武蔵国など３ヶ国と北条氏遺領から数多の郡・荘を与えられ、６月には従四位下・左兵衛督、８月には従三位・武蔵守に任じられ、名も後醍醐天皇の諱から一字を賜って尊氏と改めた。
尊氏は六波羅探題の攻略直後より奉行所を設置して実質的に武将たちを統括しており、弟の足利直義も遠江国のほか多くの所領を与えられ、１２月には成良親王を奉じて鎌倉に下向して東国の行政裁判にあたるなど重用されたことから足利氏の威勢と声望は高まり、武士たちから旧幕府の継承者と見なされたが、その半面で新田義貞・楠木正成・名和長年や護良親王らとの軋轢が深まり、建武元年（１３３４）６月には「護良親王が尊氏を討つ」との風聞が流れたため洛中が騒擾し、罪に問われた護良親王が捕らえられて鎌倉に護送されている。
建武２年（１３３５）７月に信濃国で挙兵した北条時行が鎌倉を襲撃すると直義は三河国に敗走し（中先代の乱）、８月２日に尊氏はその討伐のために京都を発つ。このとき征夷大将軍への補任を望んだが後醍醐天皇はこれを許さず、成良親王をこれに任じて尊氏を征東大将軍に任じた。
三河国で直義と合流した尊氏が北条軍を駆逐して１９日に鎌倉を奪回すると、後醍醐天皇は勲功として従二位に任じるとともに勅使を送って帰京を命ずるが、途中で新田義貞勢が襲うとの風聞があるとして直義に上洛を諌められると尊氏はこれを容れて鎌倉に留まった。後醍醐天皇はこれを反逆と判じて１１月に尊良親王・新田義貞の軍勢を派遣するが、尊氏は天皇の軍勢と戦うことを躊躇し、政務を直義に譲って浄光明寺（建長寺とも）に引き籠った。やむなく直義が出陣したが、各地で直義の軍勢が追討軍に敗れて窮地に陥っているとの報を受けると、直義救出のため出陣を決意。１２月１１日の箱根・竹ノ下の合戦で義貞軍を破り、敗走する新田軍を追撃して一気に京を目指した。
尊氏らは建武３年（１３３６）１月１１日に京都に入るが、後醍醐天皇の命を受けて追撃してきた北畠顕家の軍勢に敗れ（建武３年の京都攻防戦）、２月には丹波国を経て西国へと向かうが、この西走は単なる敗走ではなく再起への布石であった。その途次の播磨国室津での軍議で山陽道や四国の諸将の配置を定めて追撃阻止の態勢を定めるとともに、２月中旬には備後国の鞆において、かつて後醍醐天皇によって廃された光厳上皇からの院宣を得た。これによって尊氏は後醍醐天皇に敵対する朝敵ではなく、光厳上皇の軍勢としての地位を得たのである。
２月末に九州入りした尊氏は、３月２日の多々良浜の合戦で九州最大の天皇方勢力であった菊池武敏の軍勢を破って九州での優勢を確固たるものとすると４月３日に博多を発って上洛の途につき、５月２５日の摂津国湊川の合戦で楠木正成・新田義貞らの率いる軍勢を撃破、６月中旬に光厳上皇とその同母弟・豊仁親王を伴って入京を果たした。
８月に豊仁親王が即位して光明天皇となり、１０月には湊川の合戦直後より近江国坂本に移っていた後醍醐天皇も京都に還幸して神器授与の儀を行い、一応の和睦は成った。そして１１月７日、尊氏は建武式目を制定して幕府の開設を内外に示す。しかし１２月２１日に後醍醐天皇が吉野に脱出して正統な天皇であることを主張、ここに皇家は分裂し、いわゆる南北朝の動乱が始まる。
後醍醐天皇（南朝）の呼びかけに応じた北畠顕家・新田義貞らの活動も活発化したが、暦応元：延元３年５月には和泉国堺浦で顕家が、同年閏７月には越前国藤島で義貞が討たれ、翌暦応２年（１３３９）８月には後醍醐天皇が吉野で崩御したことで、南朝方の攻勢は一時停滞する。この間の暦応元年８月、尊氏は北朝から正二位・征夷大将軍に任じられた。
しかし貞和５：正平４年（１３４９）、新たな抗争が勃発する。「観応の擾乱」と呼ばれる足利家中の内訌である。