初期速度の設定は、列車ごとに個別に行なえます。
まずは、編成をレールに配置してください。

編成を右ドラッグして、
ポップアップメニューの［編成エディター...］を選択してください。

編成エディターの右下にある
［編成加速性能］を左クリックしてください。

左図のようなウィンドウが開くので、
［速度初期値］で任意の速度設定を選択してください。
速度設定は、［最高速度］を基準に設定します。

今回は、最高速度が95km/hになっているので、
以下のように設定する事になります。

例：「50%速度」の場合
ビュワー起動後、すぐに「47km/h」で列車が走行します。

例：「50%速度20s」の場合
ビュワー起動後から徐々に加速し始めて、
約20秒後、速度は「47km/h」に達します。

ちなみに、この項目がない場合は、
VRM3システムのアップデートを行なってください。
以下のページで解説しているので、参考にしてください。
VRM3システムアップデータ

［速度初期値］を選択したら、［OK］を左クリックしてください。

なお、［最高速度］を変更すれば、
［速度初期値］で設定した速度域を微調整する事ができます。

例えば、［速度初期値］を「50%速度」にしたとします。
［最高速度］が「95km/h」ならば、走行速度は「47km/h」です。
［最高速度］が「115km/h」ならば、走行速度は「57km/h」です。

変更したい場合は、
［最高速度］に任意の数値（時速）を入力してください。
それと、［最高速度］を変更したら、
必ず、左図のように［標準性能計算］を左クリックしてください。

変更したら、［OK］を左クリックしてください。

［最高速度］だけを変更したり、［初期速度値］だけを設定したり、
両方をそれぞれ設定・変更したりできるので、
色々な走行速度の設定が可能です。

最後に、「編成エディター」の［OK］を左クリックしてください。

これで、列車の初期速度の設定は完了です。