学問的で専門的なな奈良仏教から、人々への仏教への道を切り開いた最澄と空海。管僧として唐へ留学した最澄、私度僧として留学した空海。最澄は、一年後に帰国したが、私度僧である空海は、規則上20年間は帰還できないが、恵果和尚より真言密教の灌頂を受け、2年後に帰国した空海。最澄も密教については、空海の持ち帰った経典を借りたり、受学を得たりするが、やがて灌頂に対する考え方の違いからか、最澄と空海は袂をたつ。空海は、高雄山寺にて我国初めての真言密教の扉を開き、その後高野山の下賜を受け、高野山を根本道場として開創を始めた。さらに、朝廷より東寺の別当を命じられ、真言密教の道場として発展させた。日本の歴史上、空海の残した足跡には、非常に大きなものがあるといえる。今もって、弘法大師として慕われ、全国に多くの伝説を残したり、イロハの創始者、書の達人などといわれたりする空海。おそろしいくらいに時代を読め、時の中枢とのコミュニュケーション力にたけた偉人であったとも云えよう。空海の持ち帰った真言密教の世界は、宇宙の絶対真理を表す大日如来のもと、即身成仏で現される世界として、日本古来の山岳信仰とも結びついていった。この根本経典が「大日経」と「金剛頂経」で、この世界を視覚的に示そうとしたのが曼荼羅。東寺では、その曼荼羅を立体的に表現し、高野山では伽藍や寺院全体での広大な曼荼羅を表したという。そんな真言密教の流れなどは、後々になって知る。

最澄は、その後弟子の円仁や円珍などが唐に渡り、密教を学び、天台密教の道が進められていったが、その後天台密教の解釈によって円仁の弟子達と円珍の弟子達での争いになり、円珍の弟子達が比叡山を下り、園城寺を本山とした。一方、空海の真言密教も、空海のといた「三密加持」（人間も本来は仏であるのだから、その身体と言葉と意識が仏のそれと一体となるべく修行すれば仏になれると説いた）の解釈を巡り、この身はすでに仏であるから、追体験するという「本地身説法」の古義派と、仏になるための修行を必要とする「加地身説法」の新義派に別れ、新義派は、根来山に移り大きな勢力となったが、豊臣秀吉によって焼き討ちにあい、衰退し、奈良・長谷寺の豊山派と智積院の智山派に別れた。江戸時代、徳川家康によって、新義派がバックアップされたのも豊臣秀吉に対する家康の一つの対抗策であったのかもしれない。家康といえば、浄土真宗の大谷派を援助したり、臨済宗・南禅寺の以心崇伝や天台宗の天海をブレーンとしたり、徳川家の宗派である浄土宗を庇護したりするなど、宗教を時の政策とうまくいかしてきた施政者といえよう。

密教という言葉に対し、顕教という云い方がある。真言密教や天台密教から見た他宗派に対する云い方で、顕教では、その教えが一端お釈迦さまを経由して分かり易い言葉で説かれたという考え方だが、宇宙の絶対真理を大日如来としている密教では、言葉で言い尽くせない真理を、修行によって体得し、大日如来と一体となれる「即身成仏」という考え方である。天台宗ではその根本経典に「法華経」を基本としているところから、密教と顕教の中間という位置づけともいえる。尚、天台密教を台密といい真言密教を東密といい分けている。