徳川家臣。内藤家長の嫡男。通称は金一郎。従四位下・左馬助。
天正１２年（１５８４）の小牧・長久手の合戦が初陣という。天正２０年（＝文禄元年：１５９２）からの文禄の役では徳川家康に従軍し、肥前国名護屋に駐屯した。
慶長５年（１６００）、関ヶ原の役の発端となる会津上杉征伐にも従軍した。８月、父・家長が伏見城の戦いにおいて討死を遂げたことを受け、その遺領の上総国佐貫２万石を継ぐ。
慶長７年（１６０２）に１万石加増されて上総国佐貫で３万石となる。
大坂の陣には江戸城留守居の任にあたった。
元和元年（１６１５）に安房国勝山において１万石の加増を得て、元和５年（１６１９）には更に５千石、元和８年（１６２２）には陸奥国磐城平へ７万石での加増転封となる。
寛永１１年（１６３４）１０月１７日、江戸にて病死した。６７歳。