特徴
サン・マイクロシステムズ社のStarSuiteや、フリーソフトウェアのOpenOffice.org では、ODF（OpenDocument形式）でファイルを保存する際にパスワードを設定することで、ファイルを暗号化することができます。
ODFはファイル仕様が公開されており、自由に利用することができます。
参考ソフトウェア
参考URL
OpenDocument 1.0形式の仕様書（PDF）
P.685 Encryptionの項目に暗号化に関する記述があります。
http://www.oasis-open.org/committees/download.php/12572/OpenDocument-v1.0-os.pdf