１５世紀から１６世紀初頭までの関東地方は永享の乱・享徳の乱・長享の乱など数度に亘る派閥抗争を経ており、その都度、関東公方（古河公方・堀越公方）や山内上杉氏・扇谷上杉氏らは袂を分かっては戦い、そして和睦を繰り返していた。しかしその繰り返される抗争において、とくに中小領主層においては根深い対立を生み出すこととなり、長い闘争の末に公方や大名といった上層部が和睦しても、下層部では領主間、あるいは同族間での抗争や対立が依然として続いていたのである。
そんな状況下の永正３年（１５０６）、古河公方・足利政氏とその嫡子である高基（初名：高氏）との対立が表面化した。この父子が対立するに至った理由は不詳であるが、４月２３日、高基が妻の実家である下野国の宇都宮氏を頼って逐電したのである。
公方の補佐役である関東管領・上杉顕定はこの公方父子の対立を調停するために奔走していたが、永正４年（１５０７）８月、越後国において守護代・長尾為景が守護・上杉房能を討って（天水越の合戦）房能養子の上杉定実を新守護に据えるという政変を起こすと、房能の実兄である顕定は為景を討つべく、永正６年（１５０９）６月に８千余の軍勢を率いて越後国に向けて出陣した。
これに対し為景は、それまで上杉氏に余同していた長尾景春や北条早雲と結んで顕定の後背を撹乱させる方策を用意しており、再び関東地方を分裂させる火種が蒔かれることとなったのである。
越後国に侵攻した顕定は８月頃までには為景・定実らを越中国へと逐い、そのまま越後国に駐留していたが、その間隙を衝くように長尾景春や北条早雲の動きが活発になる。
景春は上野国白井城に入って顕定勢力を分断させており、早雲は永正７年（１５１０）５月に武蔵国椚田要害を攻め落とすとともに相模国の高麗寺城・住吉城近辺の防備を固め、さらには扇谷上杉氏の重臣・上田政盛を寝返らせて権現山城に挙兵させるなど、関東中域侵攻のための楔を打ち込んできたのである。また、足利政氏の二男で鶴岡八幡宮別当の僧となっていた空然を還俗させて足利義明と名乗らせて擁立し、足利政氏・高基にも対抗した。
これらの動きに呼応するかのように長尾為景も佐渡を経て越後国に侵入し、６月の長森原の合戦で顕定を討ったのである。
この顕定の敗死は、関東管領家・山内上杉氏にも分裂を招くこととなった。山内上杉氏の名跡は顕定の遺言によって養子・上杉顕実（足利政氏の弟）が継いだが、もうひとりの養子・上杉憲房が顕実に対抗して上野国平井城に入ったのである。
顕定の死によって関東地方は再び分裂の混迷に陥ったが、これを好機として勢力を浸透させようとする長尾景春や北条早雲に対し、隠居していた扇谷上杉朝良が奔走を始める。
朝良は景春勢力を迎撃するために上野国に出陣し、７月には武蔵国に戻り、早雲に応じて寝返った上田政盛の籠もる権現山城を攻めて陥落させた（権現山城の戦い）。この権現山城の戦いには上杉憲房より朝良勢に対して援兵が送られており、長享の乱以来分裂していた山内上杉氏と扇谷上杉氏の提携が成されたのである。
また、この朝良の復帰に同調して南関東の反北条戦線も活発に活動を始め、７月から１２月にかけて相模国の三浦義同（道寸）・義意父子が住吉要害や鴨沢（中村）要害をめぐる戦いで勝利するなど、早雲の武蔵国侵出を扼している。
突出を阻まれた早雲は、永正８年（１５１１）１２月に朝良と和議を結んで矛先を収めた。
しかし、北関東では未だ古河公方の足利政氏・高基父子を中心とする分裂抗争が続いていた。元来、公方家は大きな自家兵力を持たず、もっぱら権威を背景として大名や国人領主らの支援を得ていたため、この父子対立において常陸国の佐竹氏や下野国の宇都宮氏、陸奥国南部の岩城氏など、関東各地の諸領主を巻き込む武力闘争に発展していたのである。
政氏・高基父子の対立は永正６年に一度は和解したが、翌永正７年には対立が再燃し、高基は下総国の簗田氏を頼って関宿城に入っていた。それのみならず義明もが自立運動を続けており、山内上杉氏においては顕実と憲房が対立している。そしてこの個々の陣営は姻戚やそれまでの経緯などから連携するようになり、足利政氏・上杉顕実・上杉朝良を頂点とするという連合と足利高基・上杉憲房派という連合が形成されていくことになったのである。
この２つの連合の対立において、永正９年（１５１２）６月に高基・憲房方が顕実の本拠である鉢形城を攻略するという動きがあり、それにともなって政氏も古河城から下野国の小山政長の拠る小山城（別称：祇園城）へと退去した。その後、古河城に高基が入り、実質的に古河公方の地位を継承したのである。
これに乗じるかのように、北条早雲も再び動き出す。８月になると三浦義同の拠る相模国岡崎城を攻め落とし、鎌倉を制圧。１０月には鎌倉に玉縄城を築いて三浦氏の侵出を扼している。岡崎城を逐われた義同は住吉城に拠って抗戦していたが、永正１０年（１５１３）１月の合戦で敗れ、本城である新井城に追い込められることになったのである。
その後、早雲は新井城を牽制しつつ武蔵国への侵攻を図っていたが、永正１３年（１５１６）７月、三浦氏救援のために派遣された上杉朝興の軍勢を破ったことを契機として新井城に総攻撃をかけ、これを陥落させたのである（新井城の戦い）。ここに相模国の名族であった三浦氏は滅亡し、相模国のほとんどが北条氏の領国となったのである。
一方、小山城に在った足利政氏は小山氏の庇護を受けつつ古河への復帰運動を続けていたが、永正１３年の暮れ頃に小山氏までもが高基を支持するようになったため小山城から退去せざるを得なくなり、上杉朝良の案内で武蔵国岩付城に移った。しかしその朝良が永正１５年（１５１８）４月に没したことで最後の後ろ楯を失うこととなり、岩付城を退去して武蔵国太田荘久喜の甘棠院に隠棲し、公方としての政治生命を終えたのである。
この政氏が隠棲したことによって高基方の勝利が確定し、政氏・高基父子の対立が発端となって引き起こされた永正の乱は終息したのである。