天正１０年（１５８２）６月２日の「本能寺の変」、続く「二条御所の戦い」において日本の中央部をその勢力下におさめた織田家の当主・織田信長とその嫡子・織田信忠が、重臣の明智光秀によって弑された。
当主と次期当主を同時に失った織田家では、今後の織田家の新当主や統治領内の再編成などの会議を行うこととなった。この会議は尾張国清洲で行われたので、清洲会議と呼ぶ。
清洲会議が執り行われたのは６月２７日のことである。筆頭家老でもあり、北陸地方の軍団長ともいうべき立場にあった柴田勝家の召集によって開かれ、参加者は勝家以下丹羽長秀、羽柴秀吉、池田恒興の４人の重臣である。信長の遺子である二男の信雄、三男の信孝はこの会議から外されている。また、関東方面の軍団長である滝川一益は上野国での合戦で敗れての帰国途中であり、この会議には間に合わなかった。
新当主を誰にするかという問題については、勝家は信孝を推したが、秀吉は信長の嫡孫にあたる三法師（のちの織田秀信）を擁立。この秀吉の発言を長秀、恒興も支持したので織田家の当主は三法師と決まったのである。しかし、三法師はまだ幼児であったため、この４人が後見人となって政務を代行することとなったのである。
会議が終わって新しい「上様」に拝礼ということになり、三法師を抱いた秀吉の前に、ひとりひとりが来て平伏した。秀吉は軽く頷いて礼を返していたが、それはあたかも秀吉が礼を受けているようだったという。