室町幕府第１５代征夷大将軍。在位期間は永禄１１年〜天正元年（１５６８〜１５７３）。
１２代将軍・足利義晴の二男として天文６年（１５３７）１１月３日、京都に生まれる。母は関白・近衛尚通の娘で１３代将軍・足利義輝の同母弟。
はじめ尚通の嫡男・近衛稙家の猶子となって南都興福寺一乗院に入って覚慶と号し、永禄５年（１５６２）に一乗院の門跡となる。
永禄８年（１５６５）５月に兄・義輝が松永久秀や三好三人衆らに弑された際（室町御所の戦い）に自身も幽閉されたが、細川藤孝らの援けで一乗院を脱出して近江国に逃れた。
この後に将軍職就任を目論み、永禄９年（１５６６）２月に還俗して足利義秋と名乗り、４月に従五位下・左馬頭に叙任。
永禄１０年（１５６７）８月末には畿内の争乱から避けるため若狭国の武田義統のもとに動座するが、内訌著しい武田氏を見限って越前国の朝倉氏を頼ることとして９月に越前国敦賀に移り、翌永禄１０年（１５６７）１月に朝倉義景の本拠・一乗谷に迎えられた。
永禄１１年（１５６８）４月に義景の加冠によって元服、義昭と名乗りを替える。
義昭はかねてより自分を奉じて上洛するように義景に求めていたが義景は応じようとせず、同年７月には腰を上げようとしない朝倉氏のもとを離れ、９月に織田信長に擁されて上洛を果たし、１０月１８日に１５代将軍の座についた。
だが将軍権力を復活させて幕府政治を強化しようとする義昭と、将軍を傀儡化して権力を握ろうとする信長とは不和になる。信長は義昭に対して永禄１２年（１５６９）１月に『殿中の掟』、元亀３年（１５７２）９月には『異見十七ヶ条』といった意見書を発布して動向を規制しようとしたが、義昭は密かに越前国朝倉氏・近江国浅井氏・甲斐国武田氏・石山本願寺らと信長包囲網を形成。
この包囲網を恃みにして元亀４年（＝天正元年：１５７３）初頭に挙兵に及ぶ（足利義昭の乱）が朝倉氏・浅井氏の援兵はなく、武田信玄も病気のため進撃を止めていたために成すすべもなく、関白・二条晴良の斡旋で４月に和議を結ぶ。同年７月にも山城国槙島で再挙兵して再び敗れ、当時２歳だった子・義尋を人質に出して信長に降伏し、事実上室町幕府は滅亡した。
その後は河内国若江の三好義継に庇護を受けたがのちに紀伊国の興国寺に移り、さらには備後国鞆へと移って毛利氏を頼った。以後は陰から毛利氏や石山本願寺などに影響し、信長を打倒しての幕府再興を目指すも成らなかった。
天正１３年（１５８５）、羽柴秀吉は義昭の猶子となって征夷大将軍に任命されることを望んだが、義昭はこれを拒否。しかし信長の遺業を継いだ秀吉との関係は不仲ではなく、天正１６年（１５８８）初頭には京に招かれ、捨扶持として槙島城１万石を給せられている。
晩年は出家して昌山道休と号した。
文禄の役に際しては肥前国名護屋に駐留。
慶長２年（１５９７）８月２８日、大坂にて没した。６１歳。法号は霊陽院昌山道休。