三好一族。三好義賢（実休）の子。十河存保の実兄。幼名は千鶴丸。通称は彦次郎。阿波守。阿波国勝瑞城主。
母は阿波守護・細川持隆のもと側室で、大形殿とも小少将とも呼ばれた女性であるが、三好義賢と深い仲になり、天文２２年（１５５３）に持隆が義賢に討たれたのちに義賢の妻となった。このため、長治は持隆の遺児・細川真之の異父同母弟という続柄である。
永禄５年（１５６２）３月、父・義賢の死によって家督を相続し、真之を奉じて細川氏阿波守護家の実権を握る。
永禄７年（１５６４）に畿内統治の実権を握っていた三好氏惣領・三好長慶が没したのち、求心力の低下を憂えた三好三人衆・松永久秀らは権力の復活を企図する将軍・足利義輝の排除を画策。三人衆らが義輝を殺害（室町御所の戦い）したのちの永禄９年（１５６６）、傀儡の将軍を立てるべく家宰の篠原長房の補佐を受けて足利義栄を奉じて上洛し、摂津国富田普門寺に入る。
この義栄は永禄１１年（１５６８）２月に将軍位に就くが、同年９月に病死。加えて尾張国の織田信長が義輝の弟・義昭を奉じて入京したとの報を得ると、本貫地の阿波国に逃げた。
義賢の死後、母は篠原一族の篠原自遁との醜聞が阿波国に喧伝されていたが、それを長房より諌められた自遁の讒言を受けた長治は長房と反目するようになり、天正元年（１５７３）５月、細川真之とともに長房を阿波国上桜で討った。
しかし阿波国を実質的に統治していた長房を誅殺したことで領国経営は安定を欠き、天正３年（１５７５）９月には長宗我部元親の侵攻を受けて海部城を奪われ、天正５年（１５７７）２月には大西城（別称を池田城）をも落とされた。
この間の天正４年（１５７６）には不仲となった細川真之が出奔したが、その真之と天正５年３月に阿波国荒田野で戦って敗れ、別宮浦にて自害した。享年２５。