木沢長政は河内北半国の守護・畠山義堯の被官であったが、細川晴元が足利義維を擁して樹立した堺幕府から三好元長が更迭されたのちには堺幕府の軍事力の要として重用されるようになり、晴元の要請を受けてしばしば京にも出陣した。このため、主君である義堯との関係に亀裂が生じるようになり、この不和は享禄４年（１５３１）８月には義堯が長政の居城である飯盛城を攻めたことで、両者の関係は完全に断絶したのである。
この抗争に際して晴元は長政を支援するために援軍を派遣しているが、このときは同年２月に堺幕府に復帰してその枢要にあった三好元長と関係の深い細川持隆や三好一秀らが調停に動いたために事なきを得たが、遺恨を払拭するまでには至らなかった。
しかしこの元長も勢威を誇ったことから晴元に疎んじられるようになっていたことに加え、享禄５年（＝天文元年：１５３２）１月に私闘を起こした責として、自ら剃髪して和泉国堺の顕本寺に謹慎したが、晴元との決裂は避けられないと見て、密かに畠山義堯や義堯と所縁を持つ大和国の国人領主らと結んで備えたのである。
そして５月１９日、元長から三好一秀を大将とする援軍を得た義堯は、再び飯盛城に長政を包囲した。この軍勢が飯盛城に猛攻を加えたため落城は時間の問題とも見られたが、長政から救援の要請を受けた晴元は近臣・茨木長隆の献策により、本願寺法主・証如の支援を取り付けることに成功したのである。
本願寺では、証如の先代にあたる実如の代より武家同士の抗争に関わることを禁じていたが、証如はこれを破って晴元に与した。この理由は明らかでないが、元長が京都での宗教界を本願寺と二分する勢力の法華宗の庇護者であったためとも、茨木長隆に縁故のある本願寺の有力坊官・下間氏の意向を受けたためともいわれている。
ともあれ、証如は６月５日に京都山科の本願寺から摂津国大坂の石山道場（石山本願寺）に移り、摂津・河内・和泉国の門徒らに檄を飛ばした。そして、この証如の檄に応じて蜂起した総勢３万といわれる門徒衆（一向一揆）は６月１５日に石山本願寺に結集したのちに飯盛城下に押し寄せ、城を攻囲している畠山・三好連合軍を後ろ攻めに攻め立てたのである。
この圧倒的な人数を擁する門徒衆のまえに畠山・三好連合軍は総崩れとなって三好一秀は討死、畠山義堯は居城の河内国高屋城へと逃れたが、高屋城もその夜のうちに陥落した。
義堯は闇に紛れてさらに落ち延びたが、ついには捕えられて６月１７日に自害させられたのである。
この後、門徒衆の次の標的は義堯に加担した元長へと向けられ、６月２０日には元長をも自害に追い込んだのである（顕本寺の戦い）。