嘉吉元年（１４４１）６月、将軍権力を強めて専制政治を布いていた第６代室町幕府将軍・足利義教が横死した（嘉吉の変）。義教死後の将軍職は長子・足利義勝が継いだが、その義勝も嘉吉３年（１４４３）に１０歳で病死。そのあとは義勝の弟・足利義政が８歳で８代将軍として立てられた。
こうした経緯で義教の死後は義勝・義政と幼少の将軍が続くこととなったが、形式だけの将軍に政務を執れるはずもなく、幕政の運営は将軍を補佐する細川・畠山氏や山名氏などの有力守護大名に委ねられるところとなり、その結果として幕府政治を主導する実権はこれら有力守護大名へと移行していったのである。とりわけて管領の権威は増大することとなり、実質的には将軍よりも管領が幕府第一の実力者と目されるほどのものであった。
他方、諸国の守護家はその権益に与ろうとしたため、あるいは家中における家督相続などによる対立を有利に運ぶためにそれぞれが将軍近臣や有力大名に随従するようになり、一部の有力大名を頂点とする系列化が急速に進むこととなった。
宝徳元年（１４４９）に元服した義政は征夷大将軍に就任したが、この頃には将軍近臣の発言力は増大しているばかりか、義政の側室・今参局や妻・日野富子などまでもが義政に意見して政治に介入するところとなり、義政との衝突を繰り返した。ために義政は政治への熱意を喪失していく。
寛正６年（１４６５）、日野富子に義尚が生まれたことから将軍職の相続問題が持ち上がる。
この頃の義政には自ら幕政を執ろうという気概は既になく、隠退して政治の第一線から退くことを望んでいたという。義政はこの前年の寛正５年（１４６４）、出家して浄土寺の門跡となって義尋と名乗っていた弟を次期将軍に指名して嗣子とし、彼を還俗させて義視と名乗らせており、その際の後見人としては細川勝元を指名していた。しかし、実子である義尚に跡を継がせたいと考えた富子は、四職家のひとりである山名宗全を後ろ盾に頼んだのである。
山名宗全は中国地方のうちで８ヶ国を領し、細川勝元に匹敵する大大名だった。はじめは勝元と協調路線を進めていたが、嘉吉の乱以後に赤松氏の処遇をめぐって対立するようになっていたのである。
またちょうどその頃、有力守護大名の畠山氏では畠山政長と畠山義就の、斯波氏においては斯波義敏と斯波義廉による家督争いがもちあがっており、これらが幕府内の政争と絡みあって細川勝元・斯波義敏・畠山政長の連合と、山名宗全・斯波義廉・畠山義就の連合とが対立することになったのである。
乱の発端は、畠山政長と畠山義就の武力衝突であった。山名派の圧力によって管領を解任されたうえに屋敷を義就に明け渡すよう命じられた政長は、文正２年（＝応仁元年：１４６７）１月１７日に京都万里小路の自分の屋敷に火をかけ、上御霊社に立て籠もって挙兵した（上御霊社の戦い）。
このとき義政は、これを両畠山家の私闘として、他の大名が双方に加担することを禁じた。しかし義就方には義政の命令を無視して宗全と義廉が加勢し、翌１８日には義就勢が攻めたてたので、戦いはこのまま一気に細川勝元と山名宗全の対決にもちこまれるかと思われたが、勝元はこのとき静観するにとどまり、そのため政長は翌１９日未明、自ら上御霊社の拝殿に火を放って遁走してしまったのである。
政長が離脱したことによって山名方が京都を制圧するところとなり、新管領には山名方に属す斯波義廉が任命された。ところが山名方の大名が軍兵の大半を自国に帰して戦勝祝いにうつつを抜かしている間、細川方は着々と戦備を固めていたのである。
上御霊社の戦いから４ヶ月のちの５月下旬、細川方は将軍御所を御所巻き（軍事的に圧迫して将軍を脅迫すること）にすることを目論んで行動を開始、２６日に両陣営が再び激突する。『上京の戦い』の始まりである。この上京での戦いは２６日早朝から２７日夕刻まで激戦が続けられ、その戦火によって上京のほとんどが焼き尽くされたという。
この戦いは双方の軍勢がそれぞれ寺や自らの京都屋敷を陣地とし、その陣地を取ったり取られたりという、まさに“陣取り合戦”であった。そのため、互いに相手の陣地に火をかけ合うというのが戦いのすべてであった。このため市中は火の海となり、この戦渦に便乗した略奪が横行した。とくに酒屋や土倉などの金融業者が狙われたという。
この上京での戦いは周到に準備を進めていた細川方がやや優勢に展開し、山名方は防衛線を後退させることを余儀なくされた。
ついで、細川方が抑えた御所には後花園上皇・後土御門天皇も迎え入れられた。将軍や天皇という権威を推戴すれば即ち、官軍という名分が得られることを考慮してのことであろう。義政を味方につけた勝元は、山名宗全追討令を出させた。このとき義政は将軍旗を勝元に与えたが、このことによって中立性と将軍としての権威を自ら放棄したことになり、以後も続く戦いを停めさせる力を失ったのである。しかも将軍が勝元に与したことで、細川方が官軍、山名方が賊軍という位置づけが明確に成されたのである。
しかし６月になると義就の子・畠山義豊が、宗全の領国からも３万ともいわれる軍勢が援兵として到着する。さらには西国最大の大名・大内政弘が山名方として参戦を表明したことで、一気に士気が高揚した。対する勝元も各地の守護大名に招集をかけた。これに応じて集まった軍勢は山名方で１１万、細川方で１６万ほどという。勝元が相国寺に本陣を構えたことに対し、宗全の本陣は西に位置していたために西軍、細川方は東軍と呼ばれた。現在の京都の西陣は、このときの宗全の本陣があったところなのである。
上京の戦いでによる巻き返しの成功、そして政治戦で大義名分を得たことで精神的にも優位に立ったかに見えた東軍陣営であったが、思いもよらぬ事態が持ち上がる。総大将のひとりとして推戴されていた足利義視が８月２３日に東軍を離脱し、伊勢国へと逐電したのである。この義視の離脱は将軍職の継承問題によるものであるが、東軍の士気は少なからず衰退した。この義視は義政に諭されて東軍に復帰するが、それは翌年になってからのことである。
一方、西軍への合力を表明した大内政弘の軍勢は兵庫を経て東寺口から入京して北上、義視の逐電と日を同じくする８月２３日に船岡山に布陣した。
大内勢の到着によって勢いを得た西軍は９月１日に至って５万の大軍を投入して、東軍の武田信賢が守る三宝院に総攻撃をかけて陥落させた（三宝院の戦い）。ついで１３日には畠山義就が土御門内裏を占領するなどの功績を挙げている。
また洛東でも一大合戦が行われ、南禅寺や青蓮院などの由緒ある寺々が壊滅的な被害を被り、東山一帯の様相が一変してしまったという（東岩倉の戦い）。
全般的な戦況は西軍有利のまま展開し、東軍に残された手札は花の御所と相国寺の一帯だけになった。西軍はさらなる攻勢に出るべく、侵攻を開始する。
１０月３日、西軍が相国寺を攻め立てると一部の僧がこれに内応して放火、炎の中での激戦の末に東軍は退却した。この勝ちに勢いを得た西軍は花の御所の奪取をも目論むが、翌４日には畠山政長率いる東軍３千の軍勢によって反抗を受け、撤退する羽目になった。この相国寺をめぐる戦いで東軍は西軍の首８百を得たといい、西軍は東軍の首級を８台の車で運んだという（相国寺の戦い）。
この死力を尽くした相国寺の戦いでの消耗があまりにも大きかったため、これを最後として大きな戦闘は行われず、両軍ともに一進一退の膠着状態となった。御所と相国寺を辛うじて東軍が維持していたが、京都は既に焦土と化していたのである。翌応仁２年（１４６８）の正月と４月に東軍が西軍を攻めたが、大勢に影響はなかった。
その後も両軍の小競り合いは続いていたが、政治戦では勝元が管領職に就任するなど、将軍を擁していただけに東軍に有利に展開していた。しかし、１１月になると大きな動きが生じる。一度逐電したのち東軍に戻っていた足利義視が、伊勢貞親の幕政復帰や義政への不信感などのため、西軍陣営へと移ったのである。これを受けて西軍陣営は義視を将軍に擬し、幕府を模した政治機構（西幕府）を調えたのである。
しかしこの頃より、戦局は地方へと波及していた。全国各地で東西両軍に応じた大名たちが領土をめぐって勝手に戦いを始めただけでなく、主君や守護大名の留守中に、守護代や有力家臣たちが支配権を狙ってそこここで叛乱を起こし始めた。
全国的な下克上の世の始まりである。応仁の乱が「戦国騒乱の序曲」といわれる理由がそこにあるのである。なかでも西軍一の勇猛な武将と謳われた朝倉敏景が、主家の斯波義廉に叛いて東軍に寝返ったことは諸大名に強い衝撃を与えた。諸大名は自国での下克上の動きを恐れて帰国を急ぎ始めた。
また、この頃より戦いの意味も変わってきている。はじめは斯波・畠山両家の内紛を争点とした守護大名同士の内訌、つまり武士相互の争いであったが、戦いが長引くにつれて土豪や地侍の戦闘になっていた。
また実際に戦う者も、足軽や無頼の者が戦争の中核を担うようになっていった。足軽こそはこの応仁の乱で台頭した新兵力であった。多くの場合は没落農民や浮浪民が金で雇われて傭兵となったものである。
やがて文明５年（１４７３）にはまず宗全が、ついで勝元が死に、東西両雄の死によって厭戦気分と和平の動きが一気に高まるのだが、西軍の畠山義就と大内政弘、東軍の畠山政長と赤松政則らが妥協を拒否し、文明６年（１４７４）６月から７月にかけて戦闘が行われ、その後も惰性的な対陣が続いていたが、都では新造の御所の建設が進むなど、時代の流れは和平へと動いていた。
このとき主戦論者の急先鋒である畠山義就と大内政弘を説得し、退陣を承知させたのが日野富子であった。富子はいつの頃からか東西両軍の大名たちに軍費を貸し付けて法外な利子を取り、莫大な財を築いていたのである。その金の力で義就に撤退を説得し、大金を使って朝廷を動かして政弘に官位を与えた。
こうして文明９年（１４７７）、義就と政弘の撤退が実現し、１１年間に亘る応仁の乱は終息を迎えたのであった。